莆田学院附属实验小学校标整体造型是圆形。圆是中国文化重要的精神元素，代表圆满、圆润、欢欣愉悦。
校标外围是三个同心圆，象征莆院附实小全体教师、学生、家长同心同德，携手圆梦。圆上镶着校名和学校创办时间，清晰明了。圆的内部，三片旋转的色块搭出一个弧形的三角，创意来源于校花三角梅。三角梅三个花瓣，寓意丰富：一是教师必备的三个理念：敬畏生命、崇尚人文、尊重科学；二是人才培养的三维目标：强健的人格、多元的智能、优良的体质；三是学校发展的三大愿景：智慧校园、书香校园、绿色校园。三角梅中间是一个举着双臂自信站立的人，由“莆院附”拼音缩写PYF组成，喻示莆院附实小以人为本、以儿童为中心的办学理念，也代表莆院附实小师生一直在践行的校训：博文约礼，立己达人，做勇敢而温暖的人。
热情活泼的红、充满希望的绿，加上天空、海洋一般高远辽阔的蓝，彰显一派大气敞亮、蓬勃向上的美好景象。
